第7集：秦菀燕遲調查井底埋屍案
燕遲成功收到詔令入刑部，表叔擔心他入刑部是為了查晉王案，畢竟晉安案是聖上的逆鱗，但燕遲心意已決，他拜託表叔給秦菀一個身份為她撐腰，否則入京後只怕處處遭人限制，表叔一口答應，正好可以報答秦菀的恩情。燕遲來秦府找秦菀，他昨日剛接到刑部任命，他以按察使的身份邀請秦菀一同斷案，以後她可以光明正大的行勘驗之事。眼下府中出現了命案，還需要秦菀去幫助，秦菀很意外，沒想到死者不是蓮葉，而是八姨娘。燕遲和秦菀、霍知府趕去八姨娘的住處，三房一直試圖阻攔，不過有燕遲在，他們誰也不敢說什麼。
八姨娘屋內陳設十分豪華，她是被活活勒死的，秦菀認定此處並非事發地，是在死後才被搬到這裡的，且是秦府的人，最重要的是，死者的鞋子不在屋內。搬動屍身的另有其人，轉移屍身是為了紊亂視線。秦老夫人並未報官，倒是這些官差來的火急火燎的，秦老夫人對秦菀也十分看不上，就等著燕遲迴了京，看秦菀該怎麼立足。秦老夫人拉著秦菀一個勁兒地問，叮囑她要注意秦家的名聲，畢竟她們姐妹三人還沒成婚。燕遲叫來八姨娘的侍女問話，婢女撒了謊，秦老夫人表示是柳姨娘半夜與人私會，而她是為了保全秦府名聲才不得已出此下策。第一個發現柳姨娘的是侍女，那個時候她衣衫不整地死在了東院花牆下。
秦老夫人下令把此處的井口封起來，霍知府找到了柳姨娘生前的衣服，被她埋在了後院。燕遲讓白楓還原柳姨娘死時的模樣，根據丫鬟說的，這裡還有一道拖痕。秦菀猜測是情殺，她曾見過八姨娘和和劉管家一起出現在紫竹林。秦菀和燕遲仔細檢視了當時的環境。徐河匆匆趕來，說屍體有些古怪，許是染了楊梅瘡。徐河想著，八姨娘是秦府的人，沒道理染上這種病，秦菀告訴他，身為仵作，眼中應只有證據。燕遲已經下令對秦府所有男子驗身，越是如此大張旗鼓越是有機會。
秦老夫人得知燕遲要搜查所有男丁很是生氣，跑去祠堂哭祖宗了，霍知府不敢得罪秦老夫人，但更加不敢得罪燕遲。秦菀此時去看了嫂嫂，她根本沒有按時吃藥，嫂嫂說是藥被動了手腳，可大哥卻不相信她的話，嫂嫂也是沒辦法。嫂嫂和大哥的感情並不好，秦菀能醫病，卻醫不了心，有些事還需要嫂嫂自己想清楚。見到大哥，秦菀有些生氣，埋怨他不把妻子放在心上，否則她也迴天乏力。秦老夫人緊接著暈倒了，秦菀看過後道只是氣急攻心，好生靜養即刻，問道查案的事情，秦菀便說燕遲不會事事告訴她。
三老爺得知此事很是生氣，嚷嚷著要把八姨娘府中的人通通打死。嫂嫂的藥裡被下了麝香，秦菀便把藥製成藥丸給她送去。秦菀讓茯苓把紫竹放在顯眼處，果不其然晚棠把東西交給了一個婆子，她居然真的是細作。殺害蓮葉和八姨娘的死極為相似，秦菀猜測找到殺害八姨娘的真兇，蓮葉的死也就真相大白了。二哥突然急急忙忙跑來，說燕遲帶人來查驗，若是他被發現可就說不清楚了。秦菀說她會和燕遲說清楚，不過她只問二哥一件事，秦老夫人封禁紫竹林，是不是和裡面的井有關。
第8集：秦菀燕遲調查楊氏之死
茯苓親眼看見，是大哥院子裡的丫頭去取的麝香，丫頭說是為大哥治神昏的，但大哥看上去神智清醒，身體康健，實在不像有神昏之症。白楓送茯苓去送藥，燕遲和秦菀則約了商量結案，辛苦了一夜，燕遲沒找到劉管家，不過也不是全無所獲，三老爺也有楊梅瘡。秦菀說二哥和此事無關，他的病是自己治的。秦菀和燕遲思來想去，覺得兇手並不是劉管家，只怕是有人栽贓，若真是如此，劉管家只怕有危險。
城裡城外都搜遍了，但劉管家就是不見蹤影，燕遲本打算再搜查秦府，沒想到得到訊息說秦府的紫竹林鬧鬼了。有人聽到紫竹林有鬼火，還有冤魂的哭訴聲。燕遲連忙命人請來了秦菀，一同進入紫竹林檢視情況，紫竹林中的枯井被鎮妖石封了起來，此處是秦府禁地，鎮妖石卻被移開了。此處有蹬踏的痕跡，有人在此處掙扎過，白楓下去檢視發現井下有一具屍體。徐河還在義莊，秦菀決定親自勘驗。死者正是劉管家，秦老夫人得知燕遲闖入了紫竹林氣壞了，非要去阻攔。
劉管家也是勒死的，與八姨娘偷情之人也是劉管家，二人勒殺手法一致，且死者有楊梅結毒，是已知病人中病情重的。燕遲和秦菀猜測，如果鬼火是人為，只怕劉管家就是誘騙他們來此的誘餌。燕遲決定挖井時，秦老夫人帶著人非要闖進紫竹林，燕遲便讓秦老夫人和大哥進來了。白楓從井中挖出一顆頭骨，是女子的頭骨，不過看樣子至少死去七年了。秦老夫人闖進來，說當年三老爺非要納八姨娘進府，二姨娘懷孕落了胎，一時想不開投井死了，有人說藥將井封起來，秦老夫人便將井封起來，不叫人靠近紫竹林，將此事隱瞞了下來。秦老夫人指認這是楊氏的遺骸，秦菀問起蓮葉的死，秦老夫人卻說她父母不願報官，已經將蓮葉下葬了。
秦菀聞到了磷火燃燒的味道，磷火可假作鬼火，顯然是人為。這些巧合當中必有關聯，秦菀猜測蓮葉是第一個慘死的人，幕後兇手殫精竭慮讓他們找到楊氏的遺骸，只怕楊氏的死絕不簡單。秦老夫人認定那口兇井鬧得家宅不寧，要在事了後將井封死，還叫大哥去提醒秦菀，不要忘記她自己也姓秦。燕遲告訴秦菀，自己第一次獨立帶兵巡邊時就見到了無辜百姓慘死，他一心只想手刃強敵，卻遭遇埋伏，只有他和白楓活了下來。那時，燕遲也才十八歲，秦菀開解道，別家這個年紀的少年郎還在家中，可他卻已經保家衛國，何需一直自責。燕遲讓秦菀不要再插手此事，此前是他思慮不周，秦菀再怎麼說也是秦家的人，但秦菀絕不會袖手旁觀，她若處境不妙自然會向燕遲求助，屆時再解她於困境即可。燕遲十分激動地握住了秦菀的手，茯苓覺得不妥本想阻攔，卻被白楓攔下了。
次日，秦菀將楊氏的屍身拼了起來，確認她有過一胎。燕遲決定去會一會秦老夫人，秦菀提醒他秦老夫人心思深問不出什麼，不如去問問秦三夫人。秦菀還在進行勘驗，卻發現楊氏的屍身竟然多出了一節骨頭。
第9集：秦府埋骨案碩目驚心
燕遲去找三夫人去詢問情況，三夫人口風很緊，燕遲便說要請三老爺跑一趟，大哥表示三老爺已經臥床不起，燕遲便藉口探望，觀察三老爺情況。三老爺顯然是裝暈，燕遲嚇唬說要把鐵釘釘進腦袋裡七日，一下便將三老爺嚇醒了。三老爺不得不配合回話，竟得知楊氏居然是拐來的，霍知府十分震驚，忠勇侯的親弟弟做出拐賣人口一事，說出去可是匪夷所思。
此時，秦菀風風火火趕來了紫竹林，卻不想採荷帶人把井封上了。採荷走後，秦菀便進入了紫竹林探查，燕遲將楊氏一事告訴了秦菀，看來秦老夫人想要掩蓋的不是楊氏之死，而是這口井。秦菀拿出那截多出來的骨頭，據推算是尚未及笄的女子。秦菀猜測，有人在楊氏投井之前埋了這口井掩蓋罪行，燕遲一氣之下便將這口井重開重新調查，秦老夫人得知此事急急忙忙藉口說要出府就醫，命人藉機把兒子送出府去。
井中打撈上來許多屍骨，十分駭人，秦菀和徐河將這些屍骨一一清洗乾淨，她們已經受了太多苦，秦菀堅持要將這些屍骨清洗乾淨，燕遲勸她去休息，但秦菀的眼眶奪眶而出，她們本該活著去做自己想做的事情，可是為什麼會有人將她們殘忍殺害！燕遲將她擁入懷裡安撫著她的情緒，無論如何他必定會查清真相，還她們公道。這些骨骸全部都是女孩兒，霍知府將這些屍骨擺放在秦家正堂，秦老夫人鬧著要進京告御狀，一時又鬧著要自盡求死。燕遲絕不心慈手軟，下令從即日起不得有任何人離開秦府。秦老夫人認定，只要保住三老爺，三房就沒事。
大哥假借送秦老夫人外出求診將三老爺送出府，不過被齊捕頭髮現攔了下來。死者年齡在十二到十六歲，應死去已有七年，但她們生前遭受過傷害，燕遲猜測有人將她們虐待後再醫治好，屢屢如此，讓這些女子遭受了非人的虐待。白楓已去查楊氏被拐賣一事，燕遲送秦菀回了院子安心休息，秦菀還將手中的暖爐送給燕遲，雖然他從不用這些，卻十分感動。
秦菀正在比對對不上的那截小拇指，二哥百日便來了，他聽說了井底女屍一事，便想把自己知道的事情都告訴她，只求放三房一條出路，雖然他們對自己並不好，可是能讓他安穩長大已經好多了。那些井底女屍，都是被三老爺買來的，專門用一個院子養著她們，後來二哥無意中發現一具女屍被裹著草蓆丟進了井中，第二天秦老夫人便將院子封了，而楊氏的死和八姨娘有關。楊氏很得寵愛，但她總是鬱鬱寡歡，三老爺便總是打她。八姨娘進府後，楊氏便失了寵，倒因此得了自由，她總是去關女孩兒們的小院站著，一站就是半天，但除了劉管家誰也不能進去，八姨娘嫉妒楊氏的美貌時常難為她，直到有一日楊氏從八姨娘口中不知得到了什麼真相，二哥一路跟蹤便發現她投井了。那個時候的二哥很喜歡楊氏，他想若是自己的母親活著，也會對他笑得這麼好看。
燕遲得知沈毅夫婦遇害當晚有兩名年輕小娘子料理了父親的後事便歸家，燕遲更加確定，秦菀就是沈毅的女兒沈菀。楊氏的來歷也查到了，楊家主母和女兒當日一同失蹤，且楊家女兒大約十一二歲，還有六指。秦菀想到秦霜曾在花棚的井看到過屍體，猜測可能是因為地勢過高流向了花棚的井，連忙命人挖開井。果不其然，井中挖出了一顆頭骨。
